چکیده مقاله
همتراز سازی چند توالی از مهمترین عناوین در تحقیقات زیستشناسی میباشد همتراز سازی محلی پایه Blast یک روش اکتشافی است که بهصورت گسترده بهعنوان یک ابزار همتراز سازی در بیوانفورماتیک استفاده میشود الگوریتم BLAST موازی با کمک سکوی نگاشت کاهش یک روش ساده و موثر را ارایه نموده است که با افزایش حجم پایگاه داده و طول توالی درخواستی عملکردی بسیار خوب و نسبتا خطی دارد؛ اما محدودیت الگوریتم در سایزطولانیترین دنباله است که گسترش و محاسبهی یک عملیات تکراری را دنبال میکند در این پژوهش مدلی به کمک روش حذف عملیات تکراری در الگوریتم BLAST موازی در راستای کاهش زمان پردازش شبیهسازی شده است براین اساس برنامه مسیر گسترش قطعه توالی کشفشده همتراز در گسترش قبلی را ذخیره نموده و پیش ازگسترشهای بعدی، درصورتیکه تطابق با مسیر زیر بازه مشترک داشته باشد، اجازهی اجرای گسترش مجدد را بهآنها نمیدهد نتایج شبیهسازی نشان میدهد به هر میزان طول بازه مشترک و تعداد توالیهای بین پایگاه داده و توالی درخواستی بیشتر باشد، روش پیشنهادی زمان پردازش کمتری خواهد داشت
کلیدواژهها
نویسندگان
فایزه علی زاده گلستانی
دانشجوی کارشناسی ارشد رشته هوش مصنوعی دانشگاه خیام
تکتم غفاریان مبهوت
عضو هیات علمی گروه مهندسی کامپیوتر دانشگاه خیام
شیوه ارجاع
�لی زاده گلستانی، فایزه و غفاریان مبهوت، تکتم،1395،هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری،دومین کنفرانس ملی علوم و مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات،آمل
ارائهشده در
مجموعه مقالات دومین کنفرانس ملی علوم و مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات19 اسفند 1395 · آمل