چکیده مقاله
ما الگوریتمی موازی را مورد پیشنهاد قرار میدهیم که بهترین مسئلهی میزان سازی نابرابریهای k را با استفاده از الگوی یک دنباله/فرآیندهای چندگانه و حافظهی گسترده در برابر یک ارجاع ژنومی حل مینماید پیشنهاد ما با این هدف طراحی گردیده است که بتواند با استفاده از MPI واسط گذردهی پیام برای ارتباطات از یک خوشهی پردازش بهره برد راهکار ما این ارجاع را در میان گرههای مختلف توزیع مینماید و هر دنباله به طور همزمان به وسیلهی گرههایی مختلف مورد پردازش قرار میگیرد هنگامی که بهترین راهکار فرضی یافت شد، این فرآیند موفقیت آمیز اطلاعات را به دیگر گرهها انتشار میدهد و فضای جستجو را کاهش داده و در نتیجه باعث صرف جویی در زمان محاسبه میشود الگوریتم توزیعی در C ساخته شد و در جهت استفاده به وسیلهی ابر رایانههای PLX و FERMI ارتقاء داده شد، اما این الگوریتم با هر خوشهی OpenMPI مبنا سازگار است این الگوریتم در بستهی Er ERNE همتراز عددی تصادفی گسترش یافته جای داده شده بود، که هدف آن فراهم آوردن مجموعهای جامع و کامل از ابزارها در جهت همتراز سازی و پاک سازی نمودن خواندنهای کوتاه است ERNE یک نرم افزار رایگان است که با مجوز منبع آزاد GPL V۳ توزیع گردیده است و میتوان آن را از وب سایت: http://erne sourceforge net دانلود نمود الگوریتم توضیح داده شده در این کار در برنامههای ERNE PMAP و ERNE PBS۵ مورد استفاده قرار میگیرند که برنامهی اول برای همتراز ساختن دنبالههای DNA وRNA طراحی شده است، در حالی که برنامهی دوم برای دنبالههای عمل شده با بی سولفیت ارتقاء داده شده است
کلیدواژهها
نویسندگان
اصغر قادری
عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد ایرانشهر
رضا میرباقری جم
عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد ایرانشهر
محمد دستوان
دانشجوی دانشگاه آزاد ایرانشهر
شیوه ارجاع
قادری، اصغر و میرباقری جم، رضا و دستوان، محمد،1402،بررسی یک الگوریتم موازی برای مسئلهی بهترین میزان سازی نابرابریهای k،بیستمین کنفرانس ملی علوم و مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات،بابل
ارائهشده در
مجموعه مقالات بیستمین کنفرانس ملی علوم و مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات26 مرداد 1402 · بابل